Mit Hilfe der Kartierung von Fledermaushabitaten lässt sich die Qualität eines Gebietes als Fledermauslebensraum bewerten.
Bei Quartierlebensräumen (vor allem in Wäldern) spielen in erster Linie das Angebot an Baumhöhlen (z. B. Risse, Spalten, ausgefaulte Astabbrüche, Spechthöhlen) aber auch der Strukturreichtum, Totholzanteil und die Nutzungsintensität wichtige Rollen bei der Beurteilung von Fledermauslebensräumen.
Insbesondere mit Hilfe der Baumhöhlendaten, die bereits im Winter erhoben werden können, wenn die Bäume noch unbelaubt sind, gibt es schon früh im Verlauf eines Planungsprozesses die Möglichkeit, eine vorläufige Aussage zu treffen, ob ein Gebiet generell für Fledermäuse als Quartierstandort und Lebensraum dienen könnte.
Bei der Bewertung von Nahrungshabitaten sind je nach Fledermausart unterschiedliche Aspekte zu beachten, i. d. R. sind aber naturnahe Strukturen und häufig auch Gewässer wichtige Mosaiksteine in qualitativ hochwertigen Fledermausjagdhabitaten.